Happy Feet 2 es la secuela de la oscarizada cinta de animación retornará a la Antártida y esta vez en 3D.
Erik, el hijo de los pingüinos Mumble y Gloria, se resiste a tratar de bailar como la mayoría de los pingüinos en el Territorio Emperador. El primer intento de Erik de bailar hace que se resbale y lo hace sentir muy avergonzado y ademas marginado del resto de los pingüinos. Erik y sus dos amigos Boadicia y Atticus deciden seguir a Ramon al Territorio Adelia. A su regreso, Ramón se entera de que el territorio Adelia ha sido gobernado por alguien parecido a un "dios pingüino", que es en realidad un frailecillo, llamado El Poderoso Sven. Sven es el último de su especie que sobrevivió a la muerte por su capacidad de volar. Erik al instante se emociona con Sven, por lo que tiene un gusto por el. Sven y Amoroso cuentan la historia de El Poderoso Sven, quien fue rescatado por un barco ruso y rehabilitado junto con Amoroso. Una noche, Sven descubre a un grupo de humanos que los salvó que estaban cocinando y comiendo carne de pollo. Pensando que los humanos tenían la intención de comérselo, huye del barco con Amoroso. Los dos terminan en la costa de la Antártida, donde Sven realiza su primer milagro, al revelar el musgo para los pingüinos locales. Ramón acusa a Sven de ser un fraude y un ídolo falso, hasta que Sven usa su poder de "Sventalizar" para ayudar a encontrarle una compañera a Ramón (lo cual fue en realidad una coincidencia la aparición de Carmen). Ramón inmediatamente se enamora de Carmen, otra pingüino Adelia, que no muestra ningún interés en él. Mumble sigue las huellas de los pingüinos al Territorio Adelia y les ordena volver al Territorio Emperador, pero se niegan. Sven convence a Erik de que le haga caso a su padre por que lo envía de vuelta al Territorio Emperador con Mumble. Mientras tanto, un grupo de krill están en medio de un enjambre. Will es un aventurero y existencialista krill decidido a descubrir qué hay más allá del enjambre de krill. Su amigo, Bill, de mala gana lo sigue para garantizar su seguridad. Una vez separado de la multitud, Will y Bill se dan cuenta que los krill se encuentran en la parte inferior de la cadena alimentaria, creados para ser comidos. Inspirado, Will se aventura a evolucionar y "ascender en la cadena alimentaria", comer una criatura real en lugar de ser comido. Mientras tanto, Mumble le dice a Erik que es único en el mundo y que algún día encontraría su vocación, pero Erik rechaza sus consejos. Mientras trataba de cruzar un puente de hielo peligroso, los pingüinos se encuentran con Bryan, el Amo de la Playa y sus dos hijos pequeños, que se niega a dejar pasar a los pingüinos. De repente el hielo se rompe y Bryan cae al fondo de un grieta dejándolo atrapado debajo del hielo. Mumble se emprende una busqueda para liberar a Bryan, Mumble decide buscar una foca leopardo que estaba durmiendo para que lo persiga hacia abajo. Desconocido para ellos, Bill tratará de comer a una criatura con una cara, por lo que al morder a la foca antes mencionada lo despierta. Durante la persecución, Mumble se las arregla para utilizar a la foca leopardo para romper el muro de hielo entre Bryan y el mar, salvando su vida. Buscando la aceptación de Erik, Mumble se desalienta al saber que Erik atribuye su hazaña de valentía por "Sventalizar", una motivación falsa hecha por Sven de lograr lo que uno desea con desear que suceda. Bryan el Elefante Marino regresa a la playa, pero no sin antes agradecerle a Mumble y prometer devolverle el favor a él en cualquier momento.
Cuando los pingüinos emperador regresa al territorio se sorprenden al descubrir que un gran iceberg ha bloqueado la salida del territorio, dejando atrapados a toda la población de pingüinos emperador por debajo de grandes paredes de hielo. Boadicia se aventura al Territorio Adelia para reclutar la ayuda de Ramón, sus amigos y los pingüinos de Adelia para traer pescado para los pingüinos emperador atrapados y hambrientos. Mientras tanto, Mumble, Erik y Atticus pescan suministros escasos de pescado para los pingüinos atrapados. Erik intenta entregarle un pescado a Gloria volando y lanzandose casi a sí mismo al borde del iceberg. Mumble regaña a Erik por sus creencias, diciendole que no hay pingüinos que pueden volar y que ninguno de los Pingüinos Emperador será capaz de escapar. Una vez que Erik se da cuenta de que todo el territorio está destinado a morir, empieza a desesperarse y a tener un enorme temor. Gloria envía a Mumble a pescar mas peces (para que no empeorara mas las cosas) para calmar a Erik y al resto de la histérica población a través del canto. En el proceso, Bill se inspiró para crear otro enjambre de krill pero Will se niega, prefiriendo adherirse a su estilo de vida del nuevo depredador.
A la mañana siguiente, una gran bandada de gaviotas atacan a los atrapados pingüinos emperador. Noah el Lider anima a los pingüinos para hacer frente a las aves a través de la perseverancia y la unidad. Cuando toda esperanza parece perdida, Boadicia regresa con todos los pingüinos del Territorio Adelia, dirigido por Sven, para ayudar a los pingüinos emperador atrapado. Sven orquesta un esfuerzo cooperativo para alimentar a los pingüinos emperador atrapados a través de la caza y traer de vuelta un flujo de peces desde el mar. Mientras tanto, Will se pone cada vez más agitado por el comportamiento de Bill y lo deja en el enjambre de Adelias pescando para unirse a los "depredadores". En el proceso un pez lo atrapa y este mismo es transportado por Sven y hacia abajo al territorio atrapado. Los pingüinos Adelia reconocen el mismo barco ruso que salvó a Sven y a Amoroso. Sven, temiendo por su vida, huye y se esconde de los seres humanos. Amoroso, mientras tanto, nada hasta la punta de un iceberg y baila para atraer la atención del barco. El éxito conduce a los seres humanos de vuelta al territorio emperador, donde comienzan a hacer un camino por el lado del iceberg a la libertad. A medio camino a través del esfuerzo, una gran tormenta de nieve obliga a los pingüinos a acurrucarse y a los seres humanos a huir. A la mañana siguiente, Sven informa que el mar se ha congelado de manera significativa y que no hay ninguna posibilidad de que vuelvan los humanos ni que los pingüinos Adelia transporten mas alimentos debido a tanta distancia. Las tensiones surgen en los pingüinos emperador hasta llegar a la frenética por la falta de alimentos y empezaron a lanzarse al aire y "volar" para salir de la grieta. Erik insta a Sven para que le enseñe a los pingüinos a volar, pero no revela su verdadera naturaleza. Sven no es un pingüino en absoluto, sino un frailecillo - y los frailecillos pueden volar. Él admite que después de la pérdida de Sventia, se sentía solo y aprendió a amar a los pingüinos quienes lo aceptaron como una familia. Abatido, Sven se va volando. Mumble, después de ver caer la nieve en una grieta entre los trozos de iceberg, comienza a bailar en el hielo y a guiar a los pingüinos Adelia en una danza fuerte de nieve en el hielo con lo que lo debilitan. El plan funciona bien hasta que varios trozos se desprenden, el romper del hielo envío de una gran parte de los pingüinos de Adelia a la grieta quedando atrapados con los emperador. En un intento por salvar a Erik de la caída en picado sobre el borde, Mumble se lastima la pata (porque se le había atorado en una pequeña grieta en el hielo) y ya no es capaz de bailar y guiar a los Adelia en esa condición. Ramón se da cuenta que Carmen se encuentra atrapada abajo y, arriesgando su propia vida, salta del iceberg para estar con ella. Como él le confiesa su amor a ella, ella inmediatamente se enamora de él.
Sven se da cuenta de la danza y demuestra a sí mismo como un bailarín digno a pesar de las protestas públicas contra él. Dirige el resto de los pingüinos Adelia en la danza, mientras que Erik y Mumble se arriesgan para ir a la playa de los elefantes marinos. Mientras tanto, Will, cansado de los peligros que vive como un depredador en la superficie, se va de nuevo al mar en busca de Bill, pero no antes sin experimentar el baile de los pingüinos. Él de repente es succionado por una grieta en el hielo que lo conduce al mar debajo del territorio. Se reúne con Bill y su enjambre, que le dicen que tiene el propósito de cambiar el mundo y la evolución de la nube. Una vez que Bill le dijo a la multitud de su posición en la cadena alimentaria y de sus vidas como herbívoros puros, le siguieron a la seguridad de los hielos inaccesibles por debajo del territorio emperador.
Mumble y Erik llegan a la playa de los elefantes marinos, donde Bryan se encuentra en medio de una lucha de predominio entre otro macho de gran tamaño. Mumble les pide ayuda a los elefantes marinos para ayudar a los pingüinos emperador a ser libres. Bryan, inicialmente reacios a devolver un favor en un momento tan crucial del año, se vuelve agresivo y amenaza a Mumble de que "se vaya de la playa o se volvería carnívoro con antojo de pingüino". Erik, nervioso por la falta de honor y respeto por parte de Bryan, canta una ópera improvisada, en conmemoración a Mumble reconociéndolo como su héroe por sus actos de valentía y reprende a Bryan por su falta de compasión y gratitud hacia él. Después de eso, Erik corre y abraza a Mumble aceptándolo como su inspiración. Tocados por la canción de Erik, los elefantes marinos emprenden el viaje al territorio emperador para liberar a los pingüinos. Los pingüinos y las focas comienzan a golpear el hielo al mismo tiempo, unidos por los krill que están debajo del hielo (sin que ellos lo supieran). Por último, el iceberg se desmorona lo suficiente para que los pingüinos emperador puedan salir de la grieta y al final se reunieron todos con sus familias.