Todo comienza en la exposición de los disfrazes de los villanos clásicos de Scooby Doo en el Museo de Criminología de Coolsville, en un instante inesperado un villano enmascarado aparece robando con la ayuda de un pterodactilo
dos disfraces y destruyendo el sitio que apenas hacía dos años lo habían construido. Al comenzar a investigar deciden ver lo que encuentran en los datos de los misterios resueltos por Misterio a la Orden,Velma empiza a investigar y se da cuenta que la base de pterodáctilo es una entrada secreta y ahí encuentra una escama del animal,después de eso descubren que hay dos posibles sospechosos y deciden investigar este nuevo pero escalofriante caso opacado por los medios de comunicación
y sobre todo por la reportera Heather Jasper How. Empiezan por buscar en la casa de uno de ellos, el señor Wickles, pero lo que descubren es la clave del misterio y al Caballero Negro, uno de sus peores enemigos. Después las pistas los llevan a la Mina de Coolsville abandonada desde hacía muchos años; ahí descubren que dos de los monstruos que ya habían dejado atrás estaban de regreso. Ahora tenían que averiguar como era posible que tres monstruos regresarán de la nada, de pronto, las pistas indicaban que había un sospechoso más, Patrick, dueño del museo y un gran amigo de Vilma, que aunque lo ocultaban, sentían algo el uno al otro. Ahora todo estaba centrado en la mina, así que fueron ahí nuevamente y por un accidente de Shaggy y Scooby vuelven a la vida todos sus enemigos...ahora sabían como hacerlos vivir pero ¿iban a poder revertir todo?. Sus datos: necesitaban los disfraces para revivirlos, habían robado el disfraz del pterodáctilo antes de la exposición, el único que podría haberlo hecho era...¡Patrick! así solo tenían que comprobar su teoría pero en esta última fase, todo se complica y comienzan a dividirse todos, cuando Velma queda completamente sola descubre un altar para Jonathan Jacobo, el original pterodáctilo muerto desde hacía cinco años, con velas, videos, figuras de pterodáctilos y una fotografía de Jonathan frente al museo de Coolsville. Al final logran reunirse pero los estaba esperando el Villano Enmascarado junto con sus monstruos, los cuales, logran capturar a toda la pandilla salvo a Scooby Doo, ahora dependía de Scooby el salvar a sus amigos y poner a funcionar la máquina para revertir el proceso de crear monstruos. Scooby logra liberar a sus amigos y poner eliminar a los monstruos pero el enmascarado salé corriendo hasta que tropieza y logran capturarlo. Era momento de saber quien es el Villano Enmascarado todos parecían no saberlo pero Velma sabía perfectamente que era...Heather Jasper How...que en realidad era...Jonathan Jacobo con un plan de venganza por haberlo encarcelado y que Velma sabía porque para cuando se tomó la fotografía donde está frente el museo supuestamente ya había muerto pero sobrevivió y se hizo pasar por Heather Jasper para que toda la prensa los atacara. Al final en esta película, Daphne besa a Fred a diferencia de en la primera que el la besa a ella. Así nuestros héroes resuelven otro misterio, que al parecer, es de los más largos y confusos que hemos visto.
